В зависимости от характера эмболов и их происхождения различают эмболию экзогенную и эндогенную.
По локализации выделяют эмболию большого и малого круга кровообращения, а также системы воротной вены.
Очень редко бывает так называемая ретроградная эмболия, когда движение эмбола подчиняется не гемодинамическим законам, а силе тяжести самого эмбола, и парадоксальная эмболия, которая наблюдается при незаращении межпредсердной или межжелудочковой перегородки, в результате чего эмболы из вен большого круга кровообращения и правой половины сердца переходят в левую, минуя малый круг.