Активированный комплемент способен вызывать вторичную альтерацию в очаге иммунного воспаления.
Побочные продукты его активации — С3a и С5а вызывают дегрануляцию тканевых базофилов и являются сильными хемотаксинами для нейтрофилов.
Промежуточные продукты, в частности С3b, обладают свойствами опсонинов, т.е. облегчают фагоцитоз бактерий. Кроме того, промежуточные продукты, проявляющие протеазную активность, могут активировать калликреин-кининовую и свертывающую системы крови.