Основная функция активированного комплемента — лизис бактериальных клеток, обусловленный перфорацией их мембраны.
Промежуточные продукты активации, в частности СЗb, являются опсонинами и способствуют иммунному прилипанию, а продукт С4а вызывает нейтрализацию вирусов.
Побочные продукты активации комплемента (СЗа и С5а) принимают участие в патогенезе аллергии, вызывая дегрануляцию тканевых базофилов, стимулируют хемотаксис лейкоцитов.