Эндогенными называют канцерогены, которые образуются в организме из его нормальных компонентов.
Окончательно не доказано, однако есть основания полагать, что в организме при нарушении обмена веществ могут образовыватся канцерогенные полициклические ароматические углеводороды. Их источниками могут быть холестерин, желчные кислоты, стероидные гормоны. В частности, показано, что обработка in vitro желчных кислот приводит к появлению метипхолантрена — представителя ПАУ, обладающего сильным канцерогенным действием.
Кроме того, эндогенные канцерогены могут появляться при нарушении обмена некоторых аминокислот, в частности, триптофана.